W nawiązaniu do licznych wątpliwości jakie powstały na tle nowych zasad przekazywania 1 procenta podatku dochodowego od osób fizycznych na rzecz organizacji pożytku publicznego, określonych w  ustawie o podatku dochodowym od osób fizycznych ( tekst jednolity Dz. U. 2000r. Nr 14, poz. 176 z póĽn. zm.) w art. 45 ust. 5c-5g oraz o zryczałtowanym podatku dochodowym od niektórych przychodów osiąganych przez osoby fizyczne (Dz. U. Nr 144, poz. 930, z póĽn. zm.) w art. 21 ust 3a-3d, Departament Pożytku Publicznego przychyla się do  następującego stanowiska:

Przedstawiciele organizacji pozarządowych oraz podatnicy wskazywali na następujące problemy:

• Brak możliwości przekazania 1 procenta podatku naliczonego na rzecz konkretnej jednostki terenowej organizacji pożytku publicznego nieposiadającej osobowości prawnej. Nie dotyczy to jednostek terenowych posiadających osobowość prawną, ponieważ te powinny uzyskać samodzielny status organizacji pożytku publicznego.
• Brak możliwości wskazania konkretnego celu na który organizacja pożytku publicznego powinna wykorzystać środki z 1 procenta podatku naliczonego, w tym konkretnej osoby, której powinna być udzielona pomoc.

Należy podkreślić, iż ustawa o działalności pożytku publicznego i o wolontariacie nie określa szczegółowego sposobu wykorzystania otrzymanych kwot z 1 procenta podatku naliczonego przez organizację pożytku publicznego. Określa jedynie ogólny cel w postaci wykorzystania na statutową działalność pożytku publicznego. Sposób wewnętrznej dystrybucji i wykorzystania środków powinien odbywać się w zgodzie z przedmiotem działalności określonym w statucie oraz z przepisami prawa powszechnie obowiązującego. Wszelkie nieprawidłowości są weryfikowane w ramach nadzoru, w toku kontroli następczej przez właściwe organy administracji publicznej.

W świetle powyższego, rozsądnym kompromisem godzącym interesy organizacji pożytku publicznego oraz osób objętych działalnością statutową organizacji pożytku publicznego, a także organów administracji publicznej zaangażowanych w proces dystrybucji środków z 1 procenta podatku naliczonego, może być możliwość wskazania przez podatnika celu szczegółowego odpisu w deklaracji podatkowej, który to cel byłyby tytułem przelewu dokonywanego przez naczelnika urzędu skarbowego na konto organizacji pożytku publicznego.

Zgodnie z tym rozwiązaniem zostałaby zachowana zasada organizacji pożytku publicznego jako odbiorcy kwot 1 procenta podatku naliczonego. Jednocześnie organizacja pożytku publicznego mogłaby skuteczniej przeprowadzić proces redystrybucji kwot z 1 procenta podatku naliczonego na szczegółowe cele, zgodne z przedmiotem działalności określonym w statucie na rzecz jednostek terenowych lub osób objętych działalnością statutową.